办理基本流程
（一）申请人向国家移民管理局委托的县级以上公安机关出入境管理机构提交申请材料并按规定采集指纹信息；
（二）受理机构对符合申请条件，申请材料齐全且符合法定形式的，向申请人出具受理回执；对申请材料不齐全或者不符合法定形式的，一次性告知申请人需要补正的全部内容；对不属于本部门职责范围或不符合受理要求的，不予受理，并向申请人说明理由。
（三）审批机构进行审核，作出批准或者不予批准的决定。批准的，签发证件；不予批准的，审批机构向申请人出具《不予批准决定书》。
（四）申请人领取证件。
办理时限
（一）公安出入境管理机构受理往来台湾通行证申请后，符合签发条件的应当在7个工作日内予以签发；单独受理前往台湾签注申请后，应当在7个工作日内予以签发。因所在地区交通不便等特殊情况，不能按期签发的，经省级公安机关出入境管理机构批准，签发时间可延长至20个工作日。
（二）按照国家移民管理局有关规定，大陆居民在非常住户口所在地申请往来台湾通行证、前往台湾签注的，公安机关出入境管理机构应当在20日内予以签发。
（三）大陆居民因奔丧、治疗紧急重症、探望危重病人、处理境外突发事件、出境参加紧急会议和谈判、签订合同及出国留学报到时间临近、行前证件遗失损毁或省级公安机关出入境管理机构认可的其他紧急事由急需申请往来台湾通行证和签注的，公安机关出入境管理机构应当按照急事急办原则，优先审批办理。
