《盐城工学院学报》创刊于1987年，原名《盐城工业专科学校学报》。1996年，盐城工专与盐城职大合并，组建盐城工学院，由此，将《盐城工业专科学校学报》更名为《盐城工学院学报》。

1998年9月，经国家新闻出版总署批准，获正式刊号（在此之前，为江苏省新闻出版局批准的临床刊号）。《学报》的报道内容以自然科学为主，教学教育研究等社科类文章。2001年12月，国家新闻出版总署正式批准我院出版《盐城工学院学报》（自然科学版）。自2002年第1期始，所刊载文章全为自然科学类作品。

《盐城工学院学报》坚持以马列主义、毛泽东思想为指导,坚持四项基本原则,贯彻"双百"方针,以繁荣科学文化,服务社会主义精神文明建设、服务学校科研、教学与人才培养工作为己任,以"展示科研成果、活跃学术思想、促进学术交流、培养科研人才"为办刊宗旨,主要刊发政治、经济、历史、语言、文学、艺术、管理以及高等教育研究、教学研究等方面的学术论文,竭诚欢迎校内、外广大专家、学者惠赐高水平、高质量的稿件,学报将约请有关专家审稿,严格把好审稿关,录用稿件唯质量是举,以确保稿件、刊物的质量和水平。

1998年全国高专学报《三优》评比，获优秀学报二等奖。

2000年中国学术期刊（光盘版）检索和评价数据规范评比获优秀学报奖。